در دو قرن گذشته، بعضی نُسَخِ خطیِ شیخیه دچار تصرفات شده است. این تصرفات و تغییرات در نسخه‌های مکرر و استنساخ‌ها واقع شده و نسخه‌های اصلی (به‌خط مصنف یا مؤلف) مصون مانده است و به‌برکت حفظ همین نسخه‌های اصلی است که هرگونه تعرضی به این آثار شناسایی می‌شود.
برای نمونه در زمان حیات عالم ربانی مرحوم حاج محمدکریم کرمانی رفع الله شأنه مخالفان عباراتی به رساله هدایة الصبیان اضافه کردند. این بزرگوار با ارائه نسخه اصل بیان فرمودند که این عباراتْ تصرفات و تعرضات دشمنان است.
ایشان به این شگرد مخالفان اشاره کردهاند و می‌فرمایند نسخه‌های اصل را حفاظت کرده و می‌کنند و در صورت لزوم می‌توان با نسخه‌های استنساخ‌شده مقابله کرد.
همچنین در زمان حیات ایشان، از نوع آثار ایشان نسخه‌برداری شد تا در شهرهای دیگر هم نسخه تصحیح‌شده‌ای از آن باشد. مرحوم آقای کرمانی در رساله جواب عباس میرزا ملک‌‌آرا می‌فرمایند:
«… و بُعد المراحل و قلة المترددین من بلادنا و الی بلادنا منعا وصول الکتب الیکم و الّا لاستغنیتم بها عن السؤال و اقرب من بلادنا الیکم بلاد کردستان فان والیه قد بعث الی کرمان و استنسخ کثیراً من کتبی فلو شئتم هو قریب منکم فاستنسخوها فی تلک البلاد… .» (مکارم‌الابرار، ج٣١، ص۴۵)
غیر از اضافه کردن عبارات به رسائل بزرگان دین یا حذف عبارات، گونه‌ای از تعرض‌ها به نسخه‌های خطیِ آثارِ شیخیه، محو نام مؤلف یا مصنف کتاب است.
این تعرض اگرچه اندک است ولی نمونه‌های متعددی از آن وجود دارد. بیشترین بسامد این محو و مسح‌ها در کتب عالمان ربانی مرحوم حاج سید محمدکاظم رشتی و مرحوم حاج محمدکریم کرمانی است. در کتب عالم ربانی مرحوم حاج میرزا محمدباقر شریف طباطبائی اعلی الله مقامهم این محوها گزارش نشده است.
اهل پژوهش آگاه‌اند که این محوها در نسخه‌های خطی به‌طور مکرر ملاحظه می‌شود؛ به‌ویژه نسخه‌هایی که به‌عمد، علائمِ مالکیتِ آن محو شده و عبارات تملک سیاه شده است و بدین‌ترتیب یادداشت‌های مهمی از بین رفته است. این کار در وقف‌نامه‌ها هم دیده می‌شود.
در این یادداشت درپیِ همه دلایل آن نیستیم و فقط به آنچه به نسخه‌های شیخیه مرتبط است اشاره می‌کنیم.
یکی از دلایل این محو کردن‌ها، دسّ و تحریفِ نام مصنف یا مؤلف و تصنیف یا تألیف است. برای نمونه در نسخه‌ای، نام عالم ربانی مرحوم حاج سید محمدکاظم رشتی از ابتداء کتاب (پس‌از خطبه) حذف شده و نام دیگری در هامش اضافه شده است.
وجهی دیگر برای این حذف‌ها و محوها، حسادت یا عناد و دشمنی با مصنف یا مؤلف است. نیازی به تفصیل نیست که مخالفت یا حسادت شخصی به چه حرکاتی وامی‌دارد. وقایعی از آثار حسادت و مخالفت را در نوشتار «غمناک نباید بود از طعن حسود ای دل» نقل کرده‌ایم.
علتی دیگر برای این محوها تقیه است؛ چه تقیه از ناحیه موافقان و مؤالفان و چه از ناحیه افراد بی‌طرف و علاقه‌مندی که از مخالفان تقیه کردهاند. کسانی این کتب و رسائل را در کتابخانه شخصی خود نگهداری می‌کرده‌اند و نمی‌خواسته‌اند کسی این رسائل را شناسایی کند. جالب توجه است که این علت در روزگار معاصر ما نیز مصادیقی دارد. افرادی هستند که رسائل و کتب چاپی را جلد می‌کنند تا نام کتاب مشخص نشود و کسانی که به خانه ایشان می‌آیند نام این آثار و مصنفان آن را مشاهده نکنند.
در ادامۀ این یادداشت نمونه‌هایی از این محوها را معرفی می‌کنیم.
مجموعه‌ای است خطی به شماره ١٣۶۴ که در مرکز احیاء تراث اسلامی نگهداری می‌شود. این مجموعه که مشتمل است بر دو رساله از عالم ربانی مرحوم حاج سید محمدکاظم رشتی، در زمان حیات مصنف رفع الله شأنه کتابت شده است.
متأسفانه نام سید مرحوم در ابتداء این رسائل سیاه شده است:
«فیقول العبد الجانی و الاسیر الفانی …[متن سیاه شده] ان بعض الدیانین… .»
و چنین است رساله دوم:
«فیقول العبد الجانی و الاسیر الفانی … [سیاه شده] ان بعض العلماء الاعلام و الفضلاء الکرام… .»
نمونه دیگر نسخه‌ای از رساله شرح دعاء سحر از تصنیفات عالم ربانی مرحوم حاج محمدکریم کرمانی اشاد الله شأنه است. در این نسخه که در کتابخانه مجلس شورای اسلامی نگهداری می‌شود، نام این بزرگوار محو شده است:
«و بعد یقول العبد… [محو شده] قد القی الیّ کتاب کریم… .»
در این فرصت به نسخه‌ای دیگر اشاره می‌کنیم. این نسخه خطی، رساله مرحوم آقای کرمانی است در جواب شاهزاده محمدولی میرزا که نام مصنف حذف شده است: «چنین گوید بنده اثیم… [سیاه شده] که از سرکار عظمت‌مدار… .»
جالب توجه است که این رساله با موضوع طیّ الارض که بی‌ارتباط با علوم خفیه نیست، در سال‌های اخیر با حذف نام مصنف به نام شیخ بهائی در بعضی کانال‌های تلگرامی هم‌رسانی شده است!
تقدیر بر این بوده است در راه بیان فضائل اهل‌البیت علیهم‌السلام و شرح و بسط روایات ایشان، بزرگان دین دچار مظلومیت شوند و در این مسیر، این مظلومیت هم برای ایشان رقم خورد که حتی نام ایشان از رسائلِ خودِ ایشان حذف شود. که به‌قول اسیری لاهیجی در یکی از معانی آن: در ره عشق محو شد نام و نشان عاشقان.